Здание бывшей коммерческой биржи и чайной-столовой Общества трезвости — памятник архитектуры конца XIX века. Чайная была известна под названием «Колпаки» (возможно, благодаря характерным формам арочных окон второго этажа с клинчатыми замками). В этом здании Музей природы существует с 2002 года, после переезда с территории Ипатьевского монастыря.
Музей природы входит в комплекс Костромского музея-заповедника. Основная экспозиция рассказывает обо всём многообразии современной и доисторической флоры и фауны Костромского края. Наглядно представлены особо охраняемые территории региона и их обитатели.
Большой интерес вызывают две коллекции насекомых. Уникальное собрание энтомолога-любителя Ивана Рубинского, сформированное почти 150 лет назад, насчитывает свыше 4 тысяч экземпляров. Современная коллекция, сформированная по зоогеографическому принципу, включает в себя эффектные образцы насекомых со всего мира.
В музее природы регулярно проводятся временные выставки.